An der Sachsenwaldschule findet der Unterricht von der Sexta (5. Klasse) bis zur Obersekunda (11. Jahrgang) im Klassensystem statt, anschließend haben die Schüler in der Oberstufe (12. und 13. Jahrgang) die Möglichkeit, Kurse und Lehrer selbst zu wählen.

Ab der Sexta (5. Klasse) wird als erste Fremdsprache Englisch und als erste Naturwissenschaft Biologie unterrichtet. In der Quarta (7. Klasse) folgt dann wahlweise Französisch oder Latein als 2. Fremdsprache und Physik wird als 2. Naturwissenschaft in den Stundenplan aufgenommen. In der Obertertia (9. Klasse) besteht die Möglichkeit, eine dritte Fremdsprache zu erlernen, und Chemie kommt als neues Fach hinzu.

Neben den Pflichtfächern Deutsch, Geschichte, Mathematik, Sport, einer Naturwissenschaft und einer Sprache können fast alle anderen Fächer in der Oberstufe frei hinzu- bzw. abgewählt werden. Neu angeboten werden Informatik (11. Jahrgang) und erneut Philosophie (ebenfalls 11. Jahrgang).